packing data, initial

#!/usr/bin/env python3

from PIL import Image

import xml.etree.ElementTree as ET

import numpy as np

import matplotlib.pyplot as plt

import imagej_tiff as ijt

#tiff = ijt.imagej_tiff('test.tiff')

#print(tiff.nimages)

#print(tiff.labels)

#print(tiff.infos)

#tiff.show_images(['X-corr','Y-corr',0,2])

#plt.show()

import json

import xml.etree.ElementTree as ET

import xml.dom.minidom as minidom

import ast

def calc_packed_value(layer,index,tile):

  t = tile.flatten()

  a = layer[index]

  res = 0

  for i in a:

    res += t[i[0]]*i[1]

  return res

def iterate_tile(lut,tile):

  # hard coded layers names

  lst = ['diagm-pair','diago-pair']

  #lut['diagm-pair']

  #stack = ijt.getstack(lst)

e = ET.parse('tile_packing_table.xml').getroot()

#print(ET.tostring(e))

#reparsed = minidom.parseString(ET.tostring(e,""))

#print(reparsed.toprettyxml(indent="\t"))

# LUT is a dict

LUT = {}

for table in e:

  layer = table.get('layer')

  LUT[layer] = []

  for row in table:

    LUT[layer].append(ast.literal_eval(row.text))

print(LUT)

print("Done")

<Document>

  <table layer='diagm-pair'>

    <tr row='0' >[(2,1.0),   (3,1.0),  (4,1.0),  (5,1.0), (6,1.0)]</tr>

    <tr row='1' >[(10,1.0), (11,1.0), (19,1.0), (20,1.0)]</tr>

    <tr row='2' >[(12,1.0), (13,1.0), (14,1.0)]</tr>

    <tr row='3' >[(15,1.0), (16,1.0), (24,1.0), (25, 1.0)]</tr>

    <tr row='4' >[(18,1.0), (27,1.0), (36,1.0), (45,1.0), (54,1.0)]</tr>

    <tr row='5' >[(21,1.0), (22,1.0), (23,1.0)]</tr>

    <tr row='6' >[(26,1.0), (35,1.0), (44,1.0), (53,1.0), (62,1.0)]</tr>

    <tr row='7' >[(28,1.0), (37,1.0), (46,1.0)]</tr>

    <tr row='8' >[(29,1.0), (38,1.0), (47,1.0)]</tr>

    <tr row='9' >[(30,1.0)]</tr>

    <tr row='10'>[(31,1.0)]</tr>

    <tr row='11'>[(32,1.0)]</tr>

    <tr row='12'>[(33,1.0), (42,1.0), (51,1.0)]</tr>

    <tr row='13'>[(34,1.0), (43,1.0), (52,1.0)]</tr>

    <tr row='14'>[(39,1.0)]</tr>

    <tr row='15'>[(40,1.0)]</tr>

    <tr row='16'>[(41,1.0)]</tr>

    <tr row='17'>[(48,1.0)]</tr>

    <tr row='18'>[(49,1.0)]</tr>

    <tr row='19'>[(50,1.0)]</tr>

    <tr row='20'>[(55,1.0), (56,1.0), (64,1.0), (65,1.0)]</tr>

    <tr row='21'>[(57,1.0), (58,1.0), (59,1.0)]</tr>

    <tr row='22'>[(60,1.0), (61,1.0), (69,1.0), (70,1.0)]</tr>

    <tr row='23'>[(66,1.0), (67,1.0), (68,1.0)]</tr>

    <tr row='24'>[(74,1.0), (75,1.0), (76,1.0), (77,1.0), (78,1.0)]</tr>

  </table>

  <table layer='diago-pair'>

    <tr row='0' >[(2,1.0),   (3,1.0),  (4,1.0),  (5,1.0), (6,1.0)]</tr>

    <tr row='1' >[(10,1.0), (11,1.0), (19,1.0), (20,1.0)]</tr>

    <tr row='2' >[(12,1.0), (13,1.0), (14,1.0)]</tr>

    <tr row='3' >[(15,1.0), (16,1.0), (24,1.0), (25, 1.0)]</tr>

    <tr row='4' >[(18,1.0), (27,1.0), (36,1.0), (45,1.0), (54,1.0)]</tr>

    <tr row='5' >[(21,1.0), (22,1.0), (23,1.0)]</tr>

    <tr row='6' >[(26,1.0), (35,1.0), (44,1.0), (53,1.0), (62,1.0)]</tr>

    <tr row='7' >[(28,1.0), (37,1.0), (46,1.0)]</tr>

    <tr row='8' >[(29,1.0), (38,1.0), (47,1.0)]</tr>

    <tr row='9' >[(30,1.0)]</tr>

    <tr row='10'>[(31,1.0)]</tr>

    <tr row='11'>[(32,1.0)]</tr>

    <tr row='12'>[(33,1.0), (42,1.0), (51,1.0)]</tr>

    <tr row='13'>[(34,1.0), (43,1.0), (52,1.0)]</tr>

    <tr row='14'>[(39,1.0)]</tr>

    <tr row='15'>[(40,1.0)]</tr>

    <tr row='16'>[(41,1.0)]</tr>

    <tr row='17'>[(48,1.0)]</tr>

    <tr row='18'>[(49,1.0)]</tr>

    <tr row='19'>[(50,1.0)]</tr>

    <tr row='20'>[(55,1.0), (56,1.0), (64,1.0), (65,1.0)]</tr>

    <tr row='21'>[(57,1.0), (58,1.0), (59,1.0)]</tr>

    <tr row='22'>[(60,1.0), (61,1.0), (69,1.0), (70,1.0)]</tr>

    <tr row='23'>[(66,1.0), (67,1.0), (68,1.0)]</tr>

    <tr row='24'>[(74,1.0), (75,1.0), (76,1.0), (77,1.0), (78,1.0)]</tr>

  </table>

</Document>

 No newline at end of file